В 1998 году являлся директором компании "Морской порт Санкт-Петербург", в 1999 году был назначен генеральным директором. В 2000 году был назначен председателем совета директоров СП ЗАО "Петербургский нефтяной терминал". С 2003 до 2006 года Александр Дюков являлся президентом компании АК "Сибур" (позже "АКС Холдинг"). В 2006 году возглавил совет директоров данной компании. В марте 2008 года назначен президентом петербургского футбольного клуба "Зенит".
В 2012 году "Газпром нефть" планирует начать реализацию стратегии развития до 2020 года. В 2012 год планируется увеличить добычу на 4% до 59,6 млн тонн углеводородов за счет разработок новых месторождений Оренбургской области. Кроме этого, планируется расширить сеть топливозаправочных комплексов в аэропортах России, создать собственную сеть бункеровочных терминалов, усилить свое влияние в секторе розничной реализации топлива на рынках Таджикистана и Киргизии.