Заявка Минтранса почти на порядок скромнее, чем РЖД, но и она может быть сокращена на 124 млрд — во столько оценен проект Москва — Ярославль, который, по словам сотрудника министерства, скорее всего будет исключен, после того как Ярославль не попал в список городов, где будет проводиться чемпионат. В то же время, по данным СМИ, в проект бюджета на 2013 год и плановый период 2014–2015 годов не включены ни планы министерства, ни РЖД.
Так, предлагается построить скоростные трассы Москва - Нижний Новгород - Казань - Екатеринбург (76,8 млрд рублей) и Москва - Харьков - Ростов-на-Дону - Краснодар - Адлер (210 млрд).
Кроме включенных в проект Минтранса дорог РЖД планировала построить высокоскоростные пути Москва - Санкт-Петербург-Екатеринбург, Москва - Минск - Варшава - Берлин, Москва - Киев, Москва - Рига и Санкт-Петербург - Таллин.