Менделеева вместе с соучастниками подозревают в преднамеренном банкротстве Инвестбанка. Сумма ущерба предположительно составляет 3 млрд рублей. Следствие полагает, что большую часть похищенных денег он, используя служебное положение, сумел вывести за пределы РФ.
Помимо Сергея Менделеева, в рамках расследования были задержаны еще три человека: это Владимир Гезин, Григорий Юсуфов и Сергей Зайцев. При этом Юсуфову и Гезину в качестве меры пресечения был избран домашний арест. Все четверо обвиняются по статье 196 УК РФ, которая предполагает до 6 лет лишения свободы.
Лицензия у Инвестбанка была отозвана Центробанком в декабре 2013 года, когда он был на 80-м месте в списке крупнейших банков страны. В марте 2014 года организация была признана банкротом.