Как гласит русская пословица, коней на переправе не меняют: в 2000 году Владимир Литвиненко, будучи уже ректором Горного университета, возглавлял избирательный штаб Владимира Путина в Петербурге, а его замом являлся Сергей Миронов.
Спустя три года, летом 2003 года Литвиненко стал руководителей штаба по подготовке к выборам губернатора города кандидата Валентины Матвиенко. Через год, в 2004 году был назначен в Петербурге главой предвыборного штаба Владимира Путина. Владимиру Литвиненко принадлежит 10% акций крупнейшего производителя минудобрений ОАО "Фосагро".
Владимир Литвиненко зимой 2011 года оказался в центре скандала, когда его дочь обвинила в том, что дедушка не дает ей видеться с собственной дочерью. Родственники не смогли договориться. Дочь Литвиненко была вынуждена обратиться в прокуратуру Петербурга и уполномоченному по правам ребенка.
Дочь Владимира Литвиненко, Ольга в свое время являлась лидером молодежного блока партии "Справедливая Россия" и депутатом Законодательного собрания Петербурга от фракции этой же партии