В соответствии с планами Министерства транспорта, система ГЛОНАСС должна была быть внедрена на гражданских воздушных судах к 2018 году. На текущий момент соответствующая аппаратура уже установлена на более чем 500 самолетах. Надо заметить, что оборудование ГЛОНАСС для воздушного транспорта по стоимости превышает приборы предназначенные для установки на наземный транспорт. Один прибор для авиакомпаний обходится в сумму около 1 млн рублей.
Проект ГЛОНАСС задумывался как общероссийская система навигации. С января 2013 года, приборы системы должны быть установлены на всех транспортных единицах, вовлеченных в пассажирские и грузовые перевозки. В последнее время не все спокойно в руководстве проекта. Недавно в связи с проверкой МВД, было выявлено хищение порядка 6,5 млрд рублей, предназначенных на разработку системы. Это привело к отставке гендиректора "Российских космических систем" Юрия Урличича.