Ранее учебное заведение планировали перевести в Сестрорецк, на окраину города. Это вызвало множество протестов в Петербурге. Напомним, что весной депутаты Законодательного собрания Петербурга обратились к президенту Владимиру Путину в связи с возможным переносом ВМА в пригород. Парламентарии в обращении просили отменить решение о переезде вуза. Депутаты приняли соответствующее постановление во втором, окончательном, чтении на заседании парламента 25 апреля (см. видео).
В мае 2010 года Миобороны заключило договор с "Ленстройреконструкцией" о строительстве и проектировании нового комплекса в городе Сестрорецк. При этом здания в центре города должны были оставаться в ведении заведения. Благодаря этому количество студентов удалось бы увеличить с 180 тыс. до 360 тыс. человек в год.
Между тем, в Минобороны отмечают, что у вуза имеются серьезные проблемы. Самые крупные из них – нехватка площадей для лечебно-диагностических подразделений, территориальная разобщенность клинических и учебных баз, стесненные условия для размещения больных. Сегодня больным приходится размещаться в палатах по четыре и более человек.