Анализ возможных неполадок в этих системах показал, что в тот момент, когда на "Фобос-Грунт" возникла нештатная ситуация, они не могли стать первопричиной, так как до возникновения отклонений, бортовые системы и устройства выполняли свои функции. Таким образом, комиссия считает, что "при создании станции никаких фатальных ошибок и дефектов обнаружено не было".
Аварийная комиссия считает, что причиной возникновения нештатной ситуации стало "воздействие тяжелых частиц, которое исказило программный код, в результате чего два полукомплекта ЦВМ22", которые управляли "Фобос-Грунтом" на втором витке, перезапустились. После чего циклограмма полета прервалась, а сама станция перешла в режим ожидания команд с Земли и поддержания постоянной солнечной ориентации. Проектные решения для перелетной траектории предусматривали используемый диапазон.
В отчете комиссии наземная отработка аппарата выявила 32 неисправности,18 дефектов и 48 отступлений от конструкторской документации. Причины были ликвидированы в установленном порядке.
Запуск межпланетной станции "Фобос-Грунт" состоялся 9 ноября 2011 года. Однако, маршевая двигательная установка станции не смогла перевести его на траекторию перелета к Марсу, в результате чего "Фобос-Грунт" остался на околоземной орбите. 15 января 2012 обломки зонда, которые не сгорели в плотных слоях атмосферы, упали в Тихий океан.