В октябре 2011 года вице-губернатор Филимонов ушел в отпуск, и уже тогда источники в Смольном прогнозировали, что на прежнюю должность он уже не вернется.
Губернатор Петербурга Георгий Полтавченко неоднократно подчеркивал, что ему больше по душе консервативная политика, а проводить революции в администрации Смольного он не планирует. После назначения Полтавченко главой Петербурга, свои посты заместителей губернатора потеряли Алла Манилова, которая курировала культуру и взаимодействие со СМИ, а так же Алексей Сергеев, вотчиной которого были вопросы коммунального хозяйства, Михаил Осеевский, недавно назначенный заместителем министра Минэкономразвития и Людмила Косткина, ранее отвечавшая в Смольном за социальную политику.
Если информация об отставке Романа Филимонова подтвердится, то в правительстве Петербурга останутся три вице-губернатора, которые работали еще при Валентине Матвиенко – это Юрий Молчанов, ответственный за инвестиционный и дорожный блоки, а так же Игорь Метельский, курирующий охрану исторического наследия и вице-губернатор по безопасности Валерий Тихонов.
В 2009 году Роман Филимонов стал самым молодым вице-губернатором после назначения на этот экс-градоначальницей Валентиной Матвиенко. В правительстве Петербурга Роман Филимонов проработал восемь лет. Он курировал последние изменения в Генплан Петербурга, процесс строительства "Охта-центра", общественно-делового центра в Лахта, а так же строительство стадиона на Крестовском острове, универмага "Стокманн" на Невском проспекте.